尼康顯微鏡就是主要用來測量計量方面的一類顯微鏡，與一般顯微鏡的不同主要在工作臺的運行精度非常高，配有一些特殊的目鏡，用于平面乃至三維數據的測量。采用物鏡朝上的設計以便從標本的下方進行觀察，因此被廣泛地應用于生物醫藥實驗室，用于查看培養細胞的生長狀態，熒光蛋白的表達情況等，為了滿足此領域多樣性的研究手段，需要倒置顯微鏡具備各種觀察方式，實驗室有限的空間需要緊湊的機身設計同時具備出色的可操控性。
　　使用尼康顯微鏡進行測量的具體方法：
　　1、尼康顯微鏡目鏡視度調節
　　進行工具顯微鏡目鏡視度調節即先進行在目鏡視場里能觀察到清晰的刻線像的調節，如果測量者在目鏡視場里得不到清晰的刻線影像，應調節目鏡視度圈，使視度與測量者視力相適應，這樣便可得到清晰的米字線。
　　通過調焦手輪移動中央顯微鏡，在目鏡視場里得到清晰的物體輪廓的像，然后移動縱橫向工作臺進行對線。若測量者眼睛在目鏡上下、左右晃動在視場里沒有發現物體像和米字線相對移動，則說明被測件正確地成像在米字線分劃板上，這時即可進行測量。若物體像與米字線有相對移動，則說明工具顯微鏡未調焦好，需進一步仔細調焦，使物體像和米字線分劃板在同一平面上。
　　2、對線(壓線)方法
　　對線(壓線)就是用米字線和被測件影像輪廓邊緣相互重疊，也就是所說的瞄準，對一臺具體的工具顯微鏡來說，工具顯微鏡的精度是一定的，要使測量精度比較高和可靠，很大程度上取決于正確的對線方法，對線方法有2種：一種是間隙對線法，另一種是重疊對線法。
　　①間隙對線法
　　間隙對線法適用角度測量。在工具顯微鏡測量角度時，任意一條米字線虛線和被測角度的一邊在視場里相靠時，使米字線虛線和被測角度之邊緣保持一條狹窄的間隙，測量者就以這條間隙大小的均勻性來判斷米字線虛線和被測件影像邊緣對準的精確度。
　　如果不采用上述對線方法，而直接采用和影像邊緣重疊的方法，則不但使測量者感到很難對準，而且會增加測量誤差。這時因為被測件的輪廓在視場里的影像不是一條細線，而是一個明暗輪廓，同時米字線的刻線已有一定的寬度。如果把它們重疊起來測量，勢必產生較大的對線誤差，特別是當被測量角度的邊比較短時，這種情況就更加嚴重。所以工具顯微鏡在角度測量時應采用間隙對線法。
　　②重疊對線法
　　如果尼康顯微鏡在長度測量時，仍然采用上述間隙對線法，將會增加長度測量誤差。原因是問隙無法測量而又包含在被測長度量值之中。因此在長度測量時采用重疊對線法。就是把米字線的虛線正好和輪廓影像邊緣重疊，使虛線的一半在輪廓影像之內，另一半在影像之外。對線時應以米字線虛線的中央為準，而以其延長部分為參考，工具顯微鏡可獲得準確的測量結果。